L'any 846, Carl Zeiss va obrir un petit taller per a la fabricació d'instruments òptics de precisió al carrer Neugasse 7 de Jena.
El 1866 es va vendre el microscopi número 1000. El Sr. ErnstAbbe s'uneix a l'empresa del Sr. Zeiss i ha establert la tecnologia de microscòpia de Zeiss sobre una base científica.
1884-1891: s'estableix "Schott & Gemossen Glass Works" a Jena, Carl Zeiss va morir el 1888, s'estableix la Fundació Carl Zeiss.
L'any 1900, amb l'ajuda del Sr. August Köhler, el petit taller del Sr. Zeiss va començar a expandir-se globalment i, de la mateixa manera, va establir una base sòlida per a la microscòpia de fluorescència.
El 1936, en col·laboració amb el Sr. Frits Zernike, es va introduir el primer microscopi de contrast de fase per a l'anàlisi de cèl·lules vives. El Sr. Frits Zernike va ser guardonat amb el Premi Nobel de Física l'any 1953.
1949, Miracle econòmic i era electrònica: comercialització de la microscòpia electrònica de transmissió en col·laboració amb AEG Corporation.
L'any 1989, el grau de digitalització va ser cada cop més alt i el microscopi es va convertir en una estació de treball de processament d'imatges. La tecnologia de programari de ràpid desenvolupament i la càmera digital van ampliar el camp d'aplicació del microscopi.
L'any 2000, la tecnologia de control d'operacions va assistir a la tecnologia d'imatge i el microscopi es va convertir en un sistema de visualització d'imatges automatitzat.
