Quins són els avantatges de la microscòpia de fluorescència de dos fotons
1) La llum de longitud d'ona llarga es veu menys afectada per la dispersió que la llum de longitud d'ona curta i penetra fàcilment a l'exemplar;
2) Les molècules fluorescents fora del pla focal no s'exciten, de manera que més llum d'excitació pot arribar al pla focal, de manera que la llum d'excitació pugui penetrar mostres més profundes;
3) La llum propera a l'infraroig de longitud d'ona llarga és menys tòxica per a les cèl·lules que la llum de longitud d'ona curta;
4) Quan s'observen mostres amb un microscopi de dos fotons, el fotoblanqueig i la fototoxicitat només es produeixen en el pla focal. Per tant, la microscòpia de dos fotons és més adequada que la microscòpia d'un sol fotó per observar exemplars gruixuts, per observar cèl·lules vives o per a experiments de fotoblanqueig puntual.
