Hi ha dos tipus de microscopis de fluorescència pel que fa als seus camins òptics:
1. Microscopi de fluorescència de transmissió: la font de llum d'excitació s'utilitza per excitar la fluorescència passant a través del material de la mostra a través d'una lent de condensador. També es poden utilitzar concentradors de camp fosc d'ús habitual i els concentradors normals es poden utilitzar per ajustar el reflector per redirigir i lòbul lateral la llum d'excitació cap a la mostra. Aquest és un microscopi de fluorescència relativament antic-. El seu avantatge és una forta fluorescència amb un augment baix, però el seu desavantatge és que la seva fluorescència disminueix amb l'augment de l'augment. Per tant, és millor observar materials d'exemplars més grans.
2. El microscopi de fluorescència de llum caiguda és un nou tipus de microscopi de fluorescència desenvolupat en els temps moderns. A diferència de l'anterior, la llum d'excitació cau des de la lent de l'objectiu cap avall a la superfície de la mostra, utilitzant la mateixa lent objectiu que el condensador d'il·luminació i la lent objectiu per recollir la fluorescència. S'ha d'afegir un divisor de feix de color dual al camí òptic, que dista 45 graus de l'urani lleuger. Angle, la llum d'excitació es reflecteix a la lent de l'objectiu i es centra en la mostra. La fluorescència generada per la mostra, així com la llum d'excitació reflectida per la superfície de la lent de l'objectiu i el vidre de la coberta, entren a la lent de l'objectiu i tornen al divisor de feix de color dual, separant la llum d'excitació i la fluorescència. La llum d'excitació residual és llavors absorbida pel filtre de bloqueig. Si s'utilitzen diferents combinacions de filtres d'excitació/separadors de feix de color dual/filtres de bloqueig, poden satisfer les necessitats de diferents productes de reacció fluorescent. Els avantatges d'aquest microscopi de fluorescència són la il·luminació de camp uniforme, imatges clares i una fluorescència més forta amb un augment més gran.
