Els microscopis lluminosos i electrònics difereixen entre si. Compareu les variacions de termes similars.
Un microscopi òptic només pot veure estructures cel·lulars específiques, com ara parets cel·lulars, cloroplasts, cromosomes marcats, mitocondris, nuclis, etc., mentre que un microscopi electrònic pot observar totes les estructures cel·lulars. Per dir-ho simplement, un microscopi de llum pot revelar l'estructura microscòpica d'una cèl·lula, mentre que un microscopi electrònic pot revelar la seva composició submicroscòpica.
L'augment és la distinció principal. Per molt que s'utilitzi el zoom, els microscopis òptics tenen un augment màxim més enllà del qual l'ull humà no pot discernir. y(min)=0,61*longitud d'ona / (n*sinu) El màxim és aproximadament 1,5 fins i tot si n*sinu està submergit en oli, i les quantitats restants depenen de la mida de la longitud d'ona. Per tant, fer zoom és inútil perquè l'augment màxim d'un microscopi òptic és d'unes 1000 vegades. Atès que la longitud d'ona dels feixos d'electrons utilitzats en la imatge del microscopi electrònic és significativament més curta que la de la llum visible, poden resoldre petits detalls, permetent augments de fins a diversos milions.
