A l'hora de triar quin sistema utilitzar o comprar, la primera consideració és quins paràmetres són més importants per a l'experiment: velocitat, sensibilitat, resolució, discriminació de diverses longituds d'ona o viabilitat cel·lular, molts dels quals. Els paràmetres estan en conflicte entre si i necessiten estar compromesa. La segona consideració és si el propòsit d'utilitzar aquest sistema és per a una detecció específica o per a una detecció general. En termes generals, els sistemes amb una major flexibilitat en la selecció de maquinari són més adequats per a inspeccions específiques, però tenen requisits tècnics més elevats de muntatge i ús. Escollir un sistema amb programari madur estalvia temps. Sigui quin sigui el tipus de sistema que trieu, primer proveu-lo amb els vostres propis materials experimentals. El representant comercial de l'empresa ha de seleccionar el filtre adequat, la font de llum d'excitació i la lent de l'objectiu d'acord amb el colorant fluorescent utilitzat en l'experiment i l'ampliació requerida a l'hora de demostrar l'equip. A més del material biològic d'interès, s'han d'utilitzar una sèrie de diapositives que continguin diferents colorants per comparar diferents sistemes a partir de les dades quantitatives obtingudes.
microscopi
El primer que cal fer és triar entre un microscopi vertical (vist des de dalt) o un microscopi invertit (vist des de baix). En general, els microscopis invertits són avantatjos a l'hora d'observar cèl·lules vives i d'obtenir imatges 3D d'alta resolució. L'etapa del microscopi invertit facilita als experimentadors la manipulació de mostres, facilita la microinjecció i facilita l'ús d'incubadores controlades amb el medi ambient. Al mateix temps, el microscopi invertit també proporciona una millor estabilitat mecànica per a la instal·lació de la càmera CCD.
Selecció de lents objectius
L'elecció de la lent objectiu i el seu mode d'ús és un paràmetre important que afecta la qualitat de la imatge. L'elecció de l'objectiu de microscopi adequat per al medi de muntatge és fonamental per a la imatge. Els objectius del microscopi poden funcionar a l'aire (generalment de baix augment), immersió en aigua (WI) o solució de glicerol (80 per cent), oli de silicona o oli per a objectius convencionals (RI 1,50 a 1,534). La lent de l'objectiu és la part més important d'un microscopi i s'ha d'inspeccionar i netejar regularment.
